A minta előkészítése során az embriók DNS-ét sokszorosára sokszorozzák, majd „szekvenálják”, ahol mind a 23 pár emberi kromoszóma DNS-szekvenciáját leolvassák. Az így leolvasott szekvenciák számáról szóló információt aztán egy szoftver összehasonlítja egy kontrollmintával, amely mindig az összes kromoszóma helyes számú másolatával rendelkezik. A minta előkészítése során az embriók DNS-ét többszörösen megsokszorozzák, majd szekvenálják. Így az emberi kromoszómák mind a 23 párjának DNS-szekvenciája leolvasásra kerül.
Az így leolvasott szekvenciák számáról szóló információt ezután egy szoftver segítségével összehasonlítják a kontrollmintával, amely mindig az összes kromoszóma helyes számú példányával rendelkezik. Így kimutatható, hogy bizonyos szekvenciák többlettben fordulnak-e elő vagy hiányoznak-e az embrió genomjából. Ily módon képesek vagyunk az összes emberi kromoszómában számbeli eltéréseket kimutatni, és a legnagyobb beültetési potenciállal rendelkező euploid embriókat kiválasztani. Így az összes emberi kromoszómában kimutathatjuk a számbeli eltéréseket, és a méhbe történő átültetéshez olyan embriókat választhatunk ki, amelyeket a fejlődés során nem befolyásolnak kromoszómális mutációk.
